长期以来，科学无神论被认为是从一堆现有科学理论推导出来的无神论结论。然而科学理论是与时俱进的，很多过往的科学理论已经被证明为错误，而当初将它们视为无神论的证据，也会动摇无神论的结论。
比如上世纪二三十年代，苏联出版过科学无神论著作，将太阳解释为一颗金属核心的天体。因为当时的科学还搞不清太阳的组成，仅从太阳光谱中发现有金属成份就作出这个推断。由于这个证据已经被推翻，就会影响到无神论结论。又比如，达尔文时代的进化论由于还没有基因科学，存在很多推测成分，以此为无神论的证据也会削弱它的说服力。
虽然今天的科学理论已经比过去完善很多，但肯定还有大量错误等待改正，有大量未知等待认识。相反，以对鬼神事件进行检验为科学无神论的基础，在任何时代都是万无一失的。
